Au niveau international, le Cert-IST est membre du FIRST (Forum for Incident Response and Security Teams). Le Cert-IST peut ainsi s'appuyer sur un réseau mondial de plus de 170 CERT affiliés au FIRST, ce qui donne accès à un système d'alerte unique au monde en fournissant les points de contact nécessaires à l'investigation des incidents trans-frontaliers et en offrant un accès privilégié aux informations non encore publiques. Le Cert-IST a été retenu pour organiser, en 2001, la 13ème conférence du FIRST.

Au niveau européen, le Cert-IST participe à la TF-CSIRT qui assure la collaboration entre Computer Security Incident Response Teams (CSIRTs) en Europe. De plus, le Cert-IST a été le coordinateur du projet EISPP ("European Information Security Promotion Programme") de la communauté européenne. Ce projet a pour but de développer un réseau européen de CERT et de mettre à la disposition des PME/PMI des services de sécurité.

Au niveau français, le Cert-IST entretient, sous l'égide des organismes de SSI (SGDN et DCSSI), des relations privilégiées avec ses 2 homologues, le CERT-RENATER (dédié à la communauté de l'enseignement et de la recherche), et le CERTA (dédié au secteur de l'administration).